シビル・ウォー/キャプテン・アメリカ
『アベンジャーズ/エイジ・オブ・ウルトロン』の出来事から約1年後、ヒドラの残党ブロック・ラムロウのテロ計画を阻止するため、スティーブ・ロジャース（キャプテン・アメリカ）率いるアベンジャーズ（ナターシャ・ロマノフ、サム・ウィルソン、ワンダ・マキシモフ）がナイジェリアの都市ラゴスに出撃する。ラムロウはスティーブを道連れに自爆を図るが、それを阻止しようとしたワンダの行動により一般市民に犠牲者が出てしまう。アベンジャーズはこの件で国際社会から批判を浴びる。同じ頃、トニー・スターク（アイアンマン）も、ソコヴィアで犠牲となった青年の母親から叱責され、ウルトロンの一件を猛省する。
常人を超えた能力を持つヒーローやスパイたちによって構成されたアベンジャーズを、国際連合の管理下に置くことを規定する「ソコヴィア協定」が、世界各国の支持を得る。米国務長官サディアス・ロスはアベンジャーズのメンバーに協定への署名を求め、トニーは真っ先にこれに賛同する。ジェームズ・ローズ、ヴィジョン、ナターシャも署名に賛同するが、スティーブは「自分たちで判断して行動する権利が奪われる」という主張から、署名を拒否する。サムとワンダはスティーブに同調する姿勢を示す。そんな時、ペギー・カーターの訃報を聞いたスティーブは英国に飛び彼女の葬儀に出席し、そこで再会したエージェント13がペギーの姪、シャロン・カーターであることを知る。
オーストリアのウィーンにてソコヴィア協定の署名式が執り行われることになり、ナターシャが出席する。そこで式典会場の外で爆破テロが発生し、演説中だったワカンダ国王のティ・チャカが死亡する。監視カメラの映像から、バッキー・バーンズ（ウィンターソルジャー）が犯人として国際指名手配を受け、ワカンダの王子ティ・チャラはバッキーへの復讐を誓う。スティーブとサムは単独でブカレストに潜伏中のバッキーに接触するが、間もなくして隠れ家が警察特殊部隊に急襲される。スティーブ、サム、バッキーは特殊部隊を退け隠れ家を脱出するが、ティ・チャラ（ブラックパンサー）がスーツを着て現れ戦闘になる。そこにローズ（ウォーマシン）が飛来し、バッキーを含む4人を逮捕する。
トニーは4人が収容された対テロ共同対策本部を訪れ、ソコヴィア協定に署名するようスティーブを再度説得するも、スティーブは再び拒否する。同じ頃、精神鑑定医を装い施設に潜入したヘルムート・ジモがバッキーと接見し、ヒドラの幹部から奪ったノートに記されていた合言葉を使い、彼を再び洗脳状態に戻す。ウィンター・ソルジャーと化したバッキーは拘束具を破壊しヘリコプターを奪って逃走を図るが、スティーブがそれを阻止。2人はヘリコプターごと川に落下し、そのまま逃走し行方不明となる。また騒動に乗じてサムも施設から脱走する。サディアスはトニーに、スティーブ、バッキー、サムの身柄を確保するよう最後通告する。トニーはニューヨークで動画サイトに上がっていた映像から、スーパーパワーを手に入れていると推測していたピーター・パーカー（スパイダーマン）を仲間に引き入れる。
洗脳から覚めたバッキーは、自分以外にもウィンター・ソルジャーが存在し、現在もシベリアの施設に冷凍保存されていることを明かす。3人は、ジモの狙いが残りのウィンターソルジャーを復活させ更なるテロ攻撃を行うことだと推理する。シャロンの手引きで装備を取り戻した3人は、クリント・バートン（ホークアイ）、ワンダ、そしてスコット・ラング（アントマン）を仲間に引き入れ航空機を奪ってシベリアに飛ぶ計画を立てる。
スティーブらの動きを察知したトニーはウォーマシン、ナターシャ、ヴィジョン、ブラックパンサーそしてスパイダーマンを従え空港で彼らを待ち受ける。スティーブはジモの計画の件を話すがトニーは聞く耳を持たず、遂に両陣営は総力で激突する。スティーブとバッキーはチームの助けによってクインジェットにたどり着き、猛追しようとするブラックパンサーを突如スティーブ側に寝返ったナターシャが阻止する。スティーブの操縦で離陸したクインジェットをアイアンマン、ウォーマシンが追跡し、その二人をサム（ファルコン）が空中で追撃する。その時、地上からファルコンを狙ってヴィジョンが放った光線が、誤ってウォーマシンのリアクターに直撃してしまう。ウォーマシンは墜落し、トニーはスティーブ追跡を断念する。
脊髄を損傷したローズは下半身不随となる。スティーブの協力者としてサム、クリント、ワンダ、スコットは逮捕され、洋上に建設されたラフト刑務所に収監される。トニーは独自の捜査で署名式爆破の真犯人がジモだったことを突き止め、自分の過ちを悟ると、単独でシベリアに向かう。それを察知したティ・チャラもトニーを追う。シベリアの施設でスティーブ、バッキーとトニーは一時休戦し、共にジモを捕らえるため施設内を捜索する。しかしたどり着いた施設の奥で、冷凍保存されていたウィンター・ソルジャーらはスティーブらの予想に反してジモによって既に全員殺害されていた。ジモは更に、かつて自動車事故を装ってトニーの両親を殺害した犯人がバッキーであったことを明かす証拠映像を施設内のモニターで放送する。激昂したトニーはバッキーを攻撃しようとするがスティーブがそれを阻止し、乱戦が開始される。
その隙に施設の外に出たジモの前にティ・チャラが現れる。ジモもまたソコヴィアで家族を失いアベンジャーズへの復讐を誓った男だったことを知ったティ・チャラは、復讐の連鎖を止めるため自決しようとした彼を殺害せずに逮捕する。スティーブは敗北寸前まで追い詰められるも、バッキーの助けが起点となりトニーのリアクターをシールドで破壊することで戦いに勝利した。トニーに「父の作ったシールドをお前が持つ資格はない」と叫ぶ。スティーブはシールドを置き、左腕を失ったバッキーと共にシベリアを去る。二人はティ・チャラの手引きを受けワカンダ王国へ渡る。バッキーは自身の洗脳を解く方法が見つかるまで冷凍睡眠へ戻ることを自ら選択する。
後日、ローズのリハビリを支援しているトニーのもとにスティーブからの手紙と携帯電話が届く。それは、また必要としてくれるならば、いつでも友としてすぐに駆けつけるという、未だ変わらぬ戦友としての思いをトニーへと伝えるものであった。スティーブは自分に協力した仲間たちが囚われたラフト刑務所に単身で潜入し救出する。自宅に戻ったピーターは叔母のメイから空港の戦いで負った傷の手当を受ける。トニーから送られた腕のウェブ・シューターが起動し、自室の天井にスパイダーマンのマークが映写される。
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